José Maria de Eça de Queirós nació en Póvoa de Varzim el 25 de noviembre de 1845, hijo natural del magistrado José Maria de Almeida Teixeira de Queirós y de Carolina Augusta Pereira de Eça. Fue inscrito en el registro como hijo de madre desconocida, y bautizado en la localidad de Vila do Conde. Aunque sus padres terminarían por casarse cuatro años después de su nacimiento, el joven José Maria vivió hasta 1855 en casa de sus abuelos paternos, en Verdemilho. Dicho año se trasladó a Oporto, y cursó la enseñanza secundaria en el Colégio da Lapa de dicha localidad, que estaba dirigido por el padre de otro ilustre escritor portugués, Ramalho Ortigão.[1]
Con dieciséis años, en 1861, inició sus estudios de derecho en la Universidad de Coímbra, donde trabó amistad con Antero de Quental y Teófilo Braga. Se licenció en 1866.[1] Durante el último curso, se estrenó como escritor publicando una serie de diez artículos, con el título general de "Notas marginales", en el diario Gazeta de Portugal.[2] Dichos artículos, que serían más tarde recogidos en su libro Prosas bárbaras, chocaron al público portugués por la novedad de su estilo.[2]
En 1866, concluidos sus estudios universitarios, se instaló en Lisboa, en casa de sus padres, y al año siguiente abrió despacho de abogado en la capital portuguesa. Continuó colaborando con el diario Gazeta de Portugal, aunque por un breve periodo (entre finales de 1866 y julio de 1867) residió en Évora, donde se ocupó de la dirección del diario local, Distrito de Évora. A finales de 1867 fue uno de los socios fundadores del "Cenáculo", junto con Salomão Saragga, Jaime Batalha Reis, Augusto Fuschini, Ramalho Ortigão, Oliveira Martins y José Fontana.[1]